BIOQUIMICA DE LOS ALIMENTOS Miguel Calvo

Muchos de los materiales situados en estas páginas incluyen estructuras moleculares tridimensionales y manipulables desde el propio ordenador. Para ser visualizadas exigen tener instalado Windows XP, o bien , si se tiene instalado el sistema operativo Windows 7 utilizar XP Mode. Es necesario también un navegador, EQUIPADO CON EL PLUGIN MDL Chime . Con Microsoft Explorer la instalación del plugin es automática. Otros navegadores exigen una instalació manual.

Descargar Chime Una vez descargado en el propio ordenador, basta “picar” dos veces sobre él para que se instale para Internet Explorer, siguiendo las instrucciones. Con eso es suficiente. Hay que recordar que no es un programa, sino un accesorio del navegador, de modo que no hay que abrirlo cada vez. Cuando el navegador encuentre en una página modelos que lo requieran, lo usará directamente.

Si se quiere utilizar con otro navegador, es preciso copiarlo de la carpeta de Explorer y pegarlo en la carpeta del navegador con el que se quiera utilizar

Para ello, ir a la carpeta:

c:\Program Files\Internet Explorer\Plugins

Y copiar el archivo npchime.dll

Pegarlo en la carpeta del programa con el que se quiera utilizar, que puede ser

c:\Program Files\Netscape\Netscape\plugins

c:\Program Files\mozilla.org\Mozilla\plugins

c:\Program Files\Mozilla Firefox\plugins).


Con este programa, las moléculas se representan en el espacio a partir de las coordenadas de cada uno de sus átomos. Convencionalmente se utilizan los siguientes colores:

Representaciones de átomos

Carbono	Hidrógeno	Oxígeno	Nitrógeno	Azufre	Fósforo

Si no se ven los átomos representados como esferas, es que no se dispone del plugin Chime.

En general, las moléculas se pueden representar de cuatro formas básicas. Como ejemplo, para el ácido acético se pueden utilizar:

Tipos de representaciones de moléculas

Esqueleto	Varillas	Varillas y bolas	Espacial

En todos los casos se respetan las distancias reales entre átomos. Cuando no es así, se señala específicamente. En el modelo espacial, generalmente los radios de las esferas corresponden a los de Van der Vaals. En las moléculas de pequeño tamaño, se incluyen todos los átomos, también los de hidrógeno, y los dobles y triples enlaces se representan de forma convencional, con dos o tres líneas. En las macromoléculas solamente se indica el enlace, sin resaltar si es doble o triple, y generalmente no se representan los átomos de hidrógeno.

Las moléculas pueden girarse en el espacio simplemente situando el puntero sobre ellas, presionando el botón izquierdo del ratón y moviéndolo. Dependiendo de la versión de Windows utilizada, puede ser necesario "activarlas" previamente, situando el cursor del ratón sobre ellas y pulsando el botón izquierdo

Las proteínas se pueden representar con su estructura detallada en modelos de tipo esqueleto, indicando la posición de todos los átomos, excepto los de hidrógeno, o en forma simplificada. Las representaciones simplificadas más habituales son las correspondientes a las estructura de hélice alfa y hoja plegada beta, que aparecen como en la figura siguiente:

Estructura de la helice a y hoja plegada b

Este programa permite cambiar la forma de presentación de la molécula, y particularmente efectuar manipulaciones complejas de las estructuras de proteínas, a través de un menú que (en ordenadores con Windows) se abre con el botón derecho del ratón, situando el puntero sobre la imagen.



En "Display", por ejemplo, se puede seleccionar la forma de presentación, como esquleto, varillas, varillas y bolas, etc. También se puede parar o iniciar el movimiento de la presentación, seleccionando "Rotation".




Las proteínas presentan múltiples posibilidades de manipulación. En "Options" se puede escoger la representación de los puentes disulfuro o de los puentes de de hidrógeno. Es también muy interesante la posibilidad de seleccionar un átomo (en este ejemplo se ha seleccionado el átomo de calcio unido a la lactalbúmina) que puede posteriormente resaltarse para verlo mejor con "Display" --"Spacefill".

En estas páginas aparece por defecto la representación que se considera más adecuada en cada caso.


Una descripción muy detallada de la utilización de Chime, con ejemplos, se encuentra en la página de los Drs. David Hackney y W. McClure

El programa MDLChime forma las imágenes a partir de ficheros .pdb, que contienen datos de posición de átomos en el espacio, obtenidos en el caso de las proteínas mediante estudios cristalográficos, y en el caso de las moléculas pequeñas, generalmente por cálculo teórico. El mayor archivo de estos ficheros se encuentra en:

Protein Data Bank .

Estos mismos datos son también accesibles a partir de Molecules to Go , del NIH (USA). Estos ficheros pertenecen al dominio público.

Las representaciones de moléculas de pequeño tamaño, con algunas excepciones, se han construido especialmente para estas páginas, utilizando programas de dibujo de dominio público existentes en Internet.

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